平行多面体は結晶（金属結晶や鉱物結晶）でよくみられる構造である．たとえば，切頂八面体は体心立方格子のボロノイ領域，菱形１２面体は面心立方格子のボロノイ領域，立方体は単純立方格子のボロノイ領域である．菱形１２面体はザクロ石（ガーネット），平行六面体は方解石，六角柱はコランダム（ルビー・サファイア），歯のエナメル質などにみられる結晶構造である．長菱形１２面体は魚眼石（正方晶系），切頂八面体は赤銅鉱（等軸晶系）などに対応する．

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ラピスラズリは青金石を主成分とする半貴石で、十二面体の結晶でしばしば産出するそうである。これから作られる青色顔料はウルトラマリンと呼ばれ、フェルメールの「真珠の耳飾りの少女」に描かれている印象的な青色のターバンはウルトラマリンを使って描かれているそうです。

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